治疗锥虫病的主要措施包括发现、治疗患者和消灭舌蝇。改变昆虫繁殖环境的媒介,如清除灌木林、喷洒杀虫剂等措施。苏拉明的治疗药物对各种昏睡症都有很好的早期疗效。其他药物包括喷他胺、美拉达醇(麦拉硫砷醇)等。对于已涉及中枢神经系统的病例,必须使用有机砷。

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