1.痛经：常见且突出的症状多为继发性，即自内膜异位症发生以来，患者告诉过去，月经来潮时没有疼痛，痛经从一定时期开始。它可以发生在月经前、月经期间和月经后。有些痛经难以忍受，需要卧床休息或用药物缓解疼痛。疼痛经常随着月经周期而加重。由于雌激素水平的上升，异位子宫内膜增生肿胀。如果受孕酮影响，会出血，刺激局部组织，引起疼痛。如果是内部，可以促进子宫肌肉挛缩，痛经必然更加明显。异位组织无出血的痛经可能是由血管充血引起的。月经后，异位子宫内膜逐渐萎缩，痛经消失。此外，盆腔中可发现许多炎症过程。局部炎症过程可能伴有活跃的腹膜病变，导致前列腺素、激肽等物质引起疼痛或触痛。
但疼痛程度往往不能反映腹腔镜检查发现的疾病程度。在临床上很明显，但无痛经患者占25％左右。女性的心理状况也会影响疼痛。
2、月经过多：内部，月经量往往增加，月经期延长。可能是由内膜增多引起的，但主要伴有卵巢功能障碍。
3.不孕症：患者常伴有不孕症。据天津和上海报道，原发性不孕症占比41.5～43.3％，继发性不孕占46.6～47.3％。不孕症与内膜异位症之间的因果关系仍存在争议。盆腔内膜异位症通常会导致输卵管周围粘连，影响卵母细胞的拾取或管腔堵塞。或因卵巢病变影响正常排卵而引起不孕。但也有人认为长期不孕，月经不闭，可引起的机会；一旦怀孕，异位内膜就会受到抑制和萎缩。
4.性交疼痛:发生在子宫直肠窝和阴道直肠隔，使周围组织肿胀，影响性生活，加重月经前期性感。
5、大便肿胀：一般发生在月经早期或月经后，患者通过直肠感到疼痛，但其他时间没有这种感觉，是子宫直肠巢和直肠附近的典型症状。偶尔看到异位内膜深入直肠粘膜，有月经期直肠出血。病变围绕直肠形成狭窄的患者有紧急和阻塞症状，因此类似于癌症。
6、膀胱症状：多见于至膀胱，有周期性尿频、尿痛症状；周期性血尿可发生在侵生周期性血尿。
